O compromisso político para se criar um Diálogo entre o Brasil e a União Europeia no setor de transporte marítimo foi acertado durante visita do presidente da UE ao Brasil em maio de 2006. O termo de referência e o conteúdo do Diálogo foram estabelecidos em dezembro de 2006, antes, portanto, do estabelecimento do Plano de Ação Conjunto de 2008 (JAP-I).
Além dos parceiros institucionais europeus, participam do Diálogo, como observadores, os estados-membros da União Europeia.
O Diálogo consiste na troca de opiniões e informações com objetivo de melhorar as operações de companhias de navegação brasileiras e da UE e de facilitar o transporte marítimo entre as partes.
Os objetivos estabelecidos para o transporte marítimo nos Planos de Ação Conjuntos de 2008 (JAP-I) e de 2011 (JAP-II) são: a) continuar a desenvolver todos os aspectos do Diálogo Setorial; b) trocar opiniões e informações para aperfeiçoar as operações das empresas de navegação do Brasil e da UE e facilitar o próprio transporte; c) examinar e desenvolver possibilidades de cooperação em áreas como portos, transporte fluvial, infraestrutura, dragagem, proteção marítima e segurança, com objetivo de facilitar o comércio; e d) discutir abordagens em organizações internacionais relevantes, como a Organização Marítima Internacional (OMI) e a Organização Internacional do Trabalho (OIT).
A primeira reunião do diálogo ocorreu em Brasília, em paralelo à 10ª reunião da Comissão Mista, em março de 2007. A reunião foi precedida de uma visita aos portos de Santos e do Rio de Janeiro e de um encontro em São Paulo com empresas europeias de navegação e transporte marítimo sediadas no Brasil.
A segunda reunião foi realizada em Bruxelas, na Bélgica, em julho de 2009, em paralelo à 11ª reunião da Comissão Mista. As discussões concentraram-se, sobretudo, no intercâmbio de informações sobre a política marítima, na evolução do mercado do transporte marítimo em ambas as regiões e na evolução dos fóruns internacionais, com destaque para a OMI.
As duas primeiras reuniões também exploraram áreas de cooperação, como a proteção e a segurança marítimas, políticas portuárias, desenvolvimento e gestão de portos, transporte fluvial, conexões com outros sistemas de transporte e financiamento de grandes infraestruturas, considerando impactos ambientais e sociais.
A terceira reunião foi realizada em fevereiro de 2012, em Brasília, e permitiu a troca de opiniões sobre política marítima e os desenvolvimentos recentes no setor de transporte marítimo em ambas as partes.
O Brasil mostrou interesse sobre as iniciativas da UE em relação ao projeto E-Maritime, à simplificação dos procedimentos e às vias navegáveis interiores e manifestou o interesse em manter o intercâmbio de informações entre as reuniões de diálogo. Algumas trocas já ocorreram, entre elas o fornecimento de informações suplementares sobre a posição brasileira em relação à redução da emissão de gases de efeito estufa no transporte marítimo e uma próxima chamada para terminais privados nos portos públicos no Brasil.
No dia 25 de junho de 2013, a SEP/PR se reuniu, em Bruxelas, com a SG MOVE. O objetivo foi apresentar à contraparte europeia o novo marco regulatório do setor de portos brasileiros.